之后，国际航运，特别是欧美航运业，更是一片愁云惨雾，2001年的9·11事件中，航空业面临几亿美元的安全和保险赔偿成本以及事件发生后乘客仍然对飞行的紧张和恐惧而带来的持续上升的收益损失。此外，各大航空公司也面临着在该次袭击中受伤人士和死亡人士家属的赔偿诉讼。

在此之前，美国经济疲软和航空业低价位竞争本已是行业的巨大威胁，9·11事件后，由两家美国航空公司带头申请破产保护开始，大量小型航空公司开始停业，全球航运裁员高达40万人，短途航运业与长途航运业分别以20%和9%的速度业绩下滑，雪上加霜的是，短途航运业居然还是提价趋势！原本就消费积极兴不高的商务旅客更是兴趣丧失殆尽。由于工会施压，美联航总裁被迫辞职，尽管有50亿美元由政府提供现金支持和100亿贷款担保援助，还是平均每天100~200万美元的损失让整个西部航运没有喘息之机。

幸运的是，国际联航有力的调整措施加上政府的大力支持，西方国家在经历9·11脱胎换骨的阵痛后，终于还是走出了低谷，不过，漫长的六年已经过去了。

中国航运业在这几年还是值得庆幸的，虽有一定负面影响，但直接损失不大，中国的金融分析师们甚至乐观地认为，9·11让美国金融地位的威望受损，大量的游资将流入相对稳定的中国内地市场，将出现长期潜在利好，可惜往往人算不如天算，美国经济一感冒，中国运输业就得跟着“打摆子”，专家预测2001年9月运价回升，但一场爆炸案，再次把商人们信心打入底谷，第二年，中美贸易全面下滑。对9·11事件幸灾乐祸的人这才看到，恐怖，对谁都没有好处。

2007年3月，随着美国与欧盟《开放天空》这一协议的签订，宣布世界航运业进入“超级承运人时代”。这一因9·11引来的变革，使中国迎来了航运事业中最严峻的考验，美民航专业咨询公司的评估报告中，仅达拉斯-北京这一航线，就要为得州带来1.8亿美元的收入，美四大航空巨头为了争夺7个利润丰厚的中国航班几乎是赤膊上阵，无所不用其极，动员政界、商界、员工和社会团体等几乎所有力量多方游说，以影响政府的决策。而中国航运业的严重内耗，过度竞争，几乎拿不出一家能上得了台面的，具有国际竞争力的航空公司。中国“先货后客”的政策，使中方承运人叫苦不迭，大韩、国泰、UPS、联邦快递、美西北及汉莎等外航几乎垄断了中国航空货运市场。以中方承运人目前的状态，刚刚签订的中美航空协议将使中方承运人未来在国际货运市场争夺中面临全军覆没的局面。几乎不用预测，未来客运可能也会步货运后尘，同样失去国际市场。